Klostrets historia börjar 1267, då den äldsta delen, kyrkans mittskepp, grund-lades. Sedan tillkom undan för undan olika delar, och på 1400-talet stod det fyrlängade klostret klart. Klostret var helgat åt Franciscus och munkarna kallades gråbröder, därav begreppet Gråbrödraklostret.

I samband med reformationen på 1530-talet kördes munkarna ut ur Klostret. Samtidigt revs den norra och västra längan, endast grundstenarna finns kvar idag. Byggnaderna användes därefter som hospital, ett sjuk- och fattighus.

Hospitalstiden varade till 1777, då verksamheten flyttades för att ge plats åt ett kronobränneri! I slutet av 1700-talet hade Klostret förfallit så mycket, att det enda man kunde använda byggnaderna till var spannmålsmagasin och sedan skräpupplag.

På en auktion 1875 ropades Klostret in av staden, och 1901 beslöt man riva de förfallna byggnaderna, vilket väckte stora protester. Med Ystads Fornminnesförening och framstående Ystadprofiler i spetsen lyckades man rädda Klostret.

Redan 1909 kunde den första restaure-ringen genomföras. Klosterkyrkan restaurerades igen 1967, och den östra längan renoverades på 1990-talet.

Klostret inriktar sig idag på att visa det andliga arvet; att genom föremål väcka tankar om vad det är att vara människa. Klostret visar såväl tillfälliga som historiska utställningar. Egna samlingar av texti-lier från bygden, verk av Ystads välkända silversmeder och Klosterkyrkans silversamling i silverkammaren visas ständigt.

Rosarium, apelgård, kål-, örta- och pionträdgård
I klosterträdgårdarna finns en särskild örtagård med krydd- och medicinalväxter och en kålträdgård. Så som man tror att munkarna hade det.

På bänkarna i apelgården kan man njuta sin picknick omgiven av träd med äpplen, päron, mandel, valnöt, fläder och fikon. Här hittar man också Rosariet, en rosenträdgård inbäddat i pergolor och med Camilla Bergmans fontän i centrum. Den har blivit en populär plats för dop. I Rosariet, som planerats av Maria Björklund, finns både gamla och nya rosenarter. Trädgårdsföreningen Sub Rosa har olika arrangemang och vandringar i Rosariet. I Emma Lundbergs anda har också pionträdgården återskapats.